Многие растения описаны им совместно с Руисом Лопесом. В ботанической литературе часто используется сокращение Ruiz & Pav., указывающее на совместное авторство этих исследователей.
  -     Alstroemeria revoluta Ruiz et Pav. 
-     Baccharis linearis (Ruiz & Pav.) Pers. 
-     Schizanthus pinnatus Ruiz & Pav. 
-     Лапажерия (Lapageria Ruiz & Pav.) 
Именем Хосе Павона назван род растений семейства Мальвовые Pavonia Cav. — Павония.
  Работы
 Совместно с Руисом Лопесом:
   Библиография
  - Brummit, R.K. & C E. Powell. Authors of plant names. Royal Botanic Gardens, Kew,1992.
- Fryxell P. A. 2000. Correction of Some Nomenclatural, Typification, and Other Discrepancies in Neotropical Pavonia (Malvaceae) Brittonia, 52, 200—202
- Steele, A. R. Flores para el Rey Ediciones del Serval. (первоначальное название: Flowers for the King: The expedition of Ruiz and Pavon and the Flora of Peru), 1982.
- Коллектив авторов. La expedici?n bot?nica al Virreinato del Per? (1777—1788). Ludwerg editores, Madrid, 1988.